O Geossítio Cachoeira São José representa uma situação muito típica do setor do alto da Serra do Itaqueri, a qual é sustentada pelos basaltos da Formação Serra Geral, que representam antigos derrames de lavas vulcânicas. Eventualmente, essas camadas horizontais se destacam na paisagem, formando degraus que permitem o aparecimento de belas cachoeiras, próprias para banho. A Cachoeira São José, uma queda d’água de cerca de 10 metros, é formada por esse contato entre derrames.
As águas da Cachoeira São José provêm das nascentes do Rio Passa-Cinco, um dos principais afluentes do Rio Corumbataí. Depois da queda d’água, mais a jusante, o Rio Passa-Cinco desemboca em um enorme cânion, formando-se várias cachoeiras. Além do uso para banho, os visitantes podem utilizar o local como base para percorrer diversas trilhas e mirantes às margens do Cânion vizinho e as cuestas da Serra do Itaqueri.